Od 2006 roku Fundacja Elementarz wspiera interdyscyplinarne badania w jaskini Stajnia, które prowadzone są przez Zakład Archeologii IHiSM Uniwesytetu Szczecińskiego. W badaniach uczestniczą przedstawiciele Państwowego Instytutu Geologicznego, Akademii Nauk Republiki Czeskiej, Uniwersytetu Wrocławskiego, holenderskiego BIAX Consult, Uniwersytetu Helsińskiego i Polskiej Akademii Nauk. Badania genetyczne prowadzi wrocławska Akademia Medyczna we współpracy z Instytutem Maxa Plancka w Lipsku.
W jaskini odkryto bogate ślady osadnictwa neandertalskiego. Duże ilości narzędzi krzemiennych, w tym tzw. noży asymetrycznych i kości upolowanych zwierząt wskazują na intensywne wykorzystanie jaskini. Najcenniejszym znaleziskiem są trzy zęby trzonowe neandertalczyków, żyjących na naszych ziemiach ponad 50 tysięcy lat temu. Szczątki reprezentują grupę osobników zróżnicowanych wiekowo – jednego osobnika młodocianego i dwóch dorosłych. Na powierzchni jednego z zębów znaleziono ślady powstałe na skutek używania wykałaczki. Na obecnym etapie badań dopuszczane są różne interpretacje znaleziska szczątków neandertalczyka, być może zęby te zostały tam umieszczone celowo, np. w ramach praktyk funeralnych. Na stanowisku udało się także znaleźć ślady ogniska, ulokowanego w głębokiej części jaskini. Poszerzyło to naszą wiedzę o organizacji przestrzennej obozowiska neandertalczyków i dostarczyło materiału umożliwiającego wykonanie datowań i analiz botanicznych, Najcenniejsze z nich poddawane są teraz analizom. Ich wyniki mogą znacząco pogłębić naszą wiedzę o okresie, w którym neandertalczycy schodzili z areny dziejów oddając kontynent współczesnym Europejczykom.

Badania w Stajni uzyskały dofinansowanie z Międzynarodowego Funduszu Wyszehradzkiego oraz ze środków Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.